edgeR is a package for the differential expression analysis of digital gene expression data, that is, of count data arising from DNA sequencing technologies. It is especially designed for differential expression analyses of RNA-Seq or SAGE data, or differential marking analyses of ChIP-Seq data. edgeR implements novel statistical methods based... [Read More]

蛋白质-DNA相互作用和表观遗传标记的全基因组图谱对于全面理解转录调控过程，破译构成各种生物过程的基因调控网络至关重要。核小体定位与 DNA 和组蛋白的动态修饰相结合，在基因调控中发挥关键作用，并且指导发育和分化。染色质状态的改变，如通过允许或阻止 DNA 结合蛋白的接触，或者修饰核小体表面以增强或阻碍效应蛋白复合物的募集，能够直接影响转录。最近的研究进展表明，染色质状态和转录之间的这种相互作用是动态的，并且比以前认识到的更为复杂，因此需要对多种细胞类型和阶段的表观基因组进行系统分析，以了解发育过程和疾病状态。 染色质免疫沉淀后测序 (ChIP-seq, Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing) 是一种对 DNA 结合蛋白、组蛋白修饰或核小体定位进行全基因组分析的技术。由于新一代测序技术的巨大进步，ChIP-seq 提供了更高的分辨率、更低的噪音和更大的覆盖范围。ChIP-seq 实验产生大量数据，有效的计算分析将极大的促进生物学机制的揭示。 [Read More]

   《水调歌头·明月几时有》是北宋文学家苏轼于公元1076年中秋在密州（今山东诸城市）时创作。苏轼因为与当权的变法者王安石等人政见不同，自求外放，辗转在各地为官。他曾经要求调任到离苏辙较近的地方为官，以求兄弟多多聚会。公元1074年苏轼差知密州，然到密州后，愿望仍无法实现。公元1076年的中秋，皓月当空，银辉遍地，苏轼自与胞弟苏辙分别之后，已七年未得团聚，此刻面对一轮明月，心潮起伏，便乘酒兴正酣，挥笔写下了这首名篇。 [Read More]

在过去的十年中，RNA 测序 (RNA-seq) 成为了全转录组分析差异基因表达和mRNA差异剪接的重要工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq方法已经被广泛用于研究RNA生物学的许多不同领域，包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构等。另外，例如空间转录组学（spatialomics）等一些新兴的应用也正在探索之中。结合新的长读长和直接RNA-seq技术以及用于数据分析的更好的计算工具的开发，RNA-seq的创新将有助于更全面地了解RNA生物学，包括转录发生的时间和位置，以及RNA功能调控问题等。 [Read More]

系统发育进化树（phylogenetic tree），也叫系统进化树或者进化树，主要是利用树状分支图来表示个物种或基因/蛋白间的亲缘关系。MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）软件是一款集序列比对、序列分析与系统进化树构建于一体的开源软件，具有分析效率高、操作简单和功能一体化等优点，适合少量序列数据的分析。 [Read More]